Идеята е много проста, ако се дели на две е един цвят ако не друг.
$i=1; // част от кода за правене на редовете с различен цвят
while($row = mysqli_fetch_assoc($query)){
if($i%2==0) { echo '<tr bgcolor="#FFFFFF">'; } else { echo '<tr bgcolor="#EFF0F1">'; } $i++; // част от кода за правене на редовете с различен цвят
echo '<td>'.$isp.'</td>';
echo '<td>'.$ref.'</td></tr>';
}